1. 降解有機物，消除病菌和雜草種子

降解有機物：原料如動物糞便、秸稈和其他有機廢料含有大量的復雜有機物，這些有機物未經發酵時難以被植物直接吸收利用。通過發酵，微生物分解這些有機物，使其變得更易被植物吸收，轉化為有機肥料中可利用的養分。

消除病菌和雜草種子：未經發酵的原料中可能含有一些病原菌、蟲卵或雜草種子，發酵過程中的高溫可以有效殺死這些有害物質，確保有機肥的安全性。

2. 提升有機肥的營養價值

在發酵過程中，微生物通過代謝活動將原料中的復雜有機物（如纖維素、蛋白質等）分解成更加簡單的可溶性營養成分。這些分解后的養分更容易被植物吸收，能夠提高有機肥的肥效。

發酵過程也有助于生成一些有益的有機酸（如腐殖酸），這些物質對改善土壤結構、提高土壤肥力和促進植物生長具有重要作用。

3. 減少有害氣體和異味

動物糞便等原料中常含有氨氣等有害氣體，發酵過程能有效去除有機物中的不良氣味，減少有害氣體的釋放，改善環境質量。

4. 提高物料的堆積穩定性

發酵后的有機物質經過適當處理后，形成的顆粒肥料更加穩定，不易變質，保質期較長。

5. 提高施用的方便性

通過發酵的有機肥通常顆粒化、濕度適中，便于儲存、運輸和施用。

發酵是有機肥制作中的第一步，其主要作用是通過微生物的代謝作用降解原料中的有機物，消除病菌、蟲卵和雜草種子，提升肥料的營養價值，去除異味，改善物料的穩定性，并最終得到適合施用的有機肥。因此，發酵不僅能提高有機肥的肥效，還能確保其對植物和土壤的安全性與健康性。