建設有機肥廠的規模取決于多種因素，包括需要處理的生物質量、生產的有機肥料種類、預期的產量、市場需求等。針對5000頭牛的規模，以下是一些考慮因素：

1、生物質產量：5000頭牛每天產生的糞便和尿液將是有機肥料的原材料。需要計算每天產生的生物質量，包括糞便、尿液以及可能的其他有機廢棄物。

2、處理技術：有機肥料的制作可以采用不同的技術，例如堆肥、發酵等。選擇合適的技術取決于可用的資源、預算、環境因素等。

3、廠房規模：根據生物質產量和處理技術，確定有機肥料生產廠房的規模。這可能涉及到建筑物、發酵堆放區、設備安裝區等。

4、設備投資：購買和安裝必要的設備，例如發酵堆放設備、通風設備、混合器、破碎機、包裝設備等。

5、運營成本：包括人工成本、能源消耗、原材料采購成本、維護費用等。

6、環保要求：確保有機肥料生產過程符合當地的環保法規和標準。

綜合考慮以上因素，建議您尋求專業的工程咨詢公司或農業專家的幫助，他們可以根據具體情況為您量身定制一個合適的有機肥料生產廠的規模和方案。