有機肥粉碎機是利用物料自身的重量，通過進料口落入立式粉碎機破碎腔內高速旋轉的鏈條上，借助立式粉碎機轉子的離心力將物料甩向筒體的內壁，于是在反彈力和重力的聯合作用下，破碎物料在立式粉碎機內腔飛速旋轉。

同時，物料向下掉落，與安裝在立式粉碎機內壁上的反擊板猛烈碰撞和物料互相撞擊，使物料破碎或產生大量裂紋；接著物料進入立式粉碎機第一層粉磨腔內，物料呈螺旋狀下落，經沖壓、擠壓，使用裂紋的物料進一步被破碎，接著細化的物料繼續向下遷移，又進入立式粉碎機第二層粉磨區。

物料既經受了撞擊粉碎，又經受了碾磨粉碎。由于粉磨區入料口與出料口所產生的阻力，使粉料在這個區域內處于封閉研磨狀態，使物料達毫米級以下的細度。當物料經出料口排出時，平均粒度能達到1mm左右。

有機肥粉碎機工作的時候，物料從進料口進入，在有機肥粉碎機機殼內與高速運轉的鏈條或者刀片相撞，物料經過撞擊之后，就會擠壓破碎，然后撞擊到機殼的內壁反擊后又與錘頭相撞，這樣原料在下落的過程中經過數次撞擊直到變成粉狀物或者細小的顆粒，從粉碎機下部的出料口出來，整個過程就算完成了。