畜禽糞污的處理主要按照“資源化”的原則進行，采用生物法、物理法或化學法 等工藝對畜禽糞污進行綜合利用。常見的綜合利用方式是作飼料、作肥料或作能源。能源化利用主要是作燃料，一種是將干燥后的畜禽糞污直接燃燒用來取暖和發電，另一種是將畜禽糞污厭氧發酵，生產出沼氣，為生活生產提供能源。以沼氣工程為核心的生態農業已被廣泛推廣應用。

畜禽糞污具有資源屬性，可還田利用、制作有機肥。畜禽糞污有機肥設備肥料化利用可進一步提升土壤有機質含量、改善農產品 質量、保障農田可持續生產能力。傳統農業中一般將畜禽糞 便進行簡單的堆積發酵，發酵完成后施入農田，這種方法降 低了種植成本，也使畜禽糞便得到處理，但是這種處理方式 糞便發酵不充分，影響作物生長，且容易造成二次環境污染

單純從產量規模來說小型有機肥設備加工廠以年產1萬噸-3萬噸為標準，也是初入行的投資者最多選擇的生產線規模。既是生產線，那就不是單臺設備或是2-3臺設備組成的了。成套設備由多種設備組成，它們的選型、規格、數量直接影響該生產線的最終價格，也就是說同樣的產量的生產線價格也不盡相同，甚至差異很大，同等產量下粉狀生產線比顆粒狀生產線便宜的多，但是相應的粉狀的成品有機肥沒有顆粒有機肥的價格、利潤高。